Penjajahan tanah-tanah sing adoh iki bisa diasilake amarga kekarepan sing ora kendhat lan karya klompok misionaris Jesuit sing ora kendel, sing ngerti manawa para penakluk ora bisa ngalahake wong asli, mutusake nggawa Injil menyang wong-wong mau, mula bisa entuk tembung apa sing durung bisa digayuh kanthi senjata.
Mula ing pungkasan abad kaping 17, kanthi inisiatif antusias saka Yesuit Eusebio Kino, sing entuk ijin saka panguwasa Spanyol kanggo miwiti ekspedisi Laksamana Isidro Atondo y Antillón, para misionaris teka ing pulau sing saiki diyakini minangka sawijining pulau, kanggo nginjili pendhudhuk sing durung ditemtokake. Kanggo menehi ijin kasebut, Mahkota nggawe syarat supaya penaklukan ditindakake kanthi jeneng Raja Spanyol lan para misionaris dhewe entuk sumber daya kanggo nindakake kesepakatan kasebut.
Misi pertama, Santa María de Loreto, didegake ing taun 1697 dening Rama José María Salvatierra, sing wis ana ing Tarahumara, lan sing diajokake Rama Kino kanggo nindakake karya gedhe kasebut. Santa María de Loreto dadi luwih saka satus taun dadi ibukutha politik, ekonomi lan agama Californiaias.
Sajrone telung kwartal sabanjure, para misionaris nggawe rantai wolulas benteng sing hebat, sing ana gandhengane karo "dalan kerajaan" sing dibangun dhewe, ngubungake wilayah Los Cabos, ing sisih kidul semenanjung, menyang wates saiki karo tangga teparo sisih lor; Iki bisa ditindakake amarga ing antarane para misionaris ana pendhapa sing duwe ilmu babagan konstruksi lan teknik hidrolik.
Sawetara konstruksi sing nggegirisi kasebut bisa urip kanthi kahanan sing sampurna, kayata San Ignacio, salah sawijining bangunan sing paling apik lan paling apik, dibangun dening Pastor Juan Bautista Luyando ing taun 1728; sing ana ing San Francisco Javier, didegaké ing taun 1699, sing kapérang saka kapel adobe asor lan omah pandhita sing dibangun dening Fray Francisco María Piccolo; bangunan saiki dibangun ing taun 1774 dening Pastor Miguel Barco, lan amarga arsitektur sing apik mula dianggep "permata misi Baja California Sur"; Santa Rosalía de Mulegé, didegaké ing taun 1705 dening Pastor Juan María Basaldúa, 117 kilometer sisih lor Loreto, minangka salah sawijining papan sing paling apik, amarga dibangun ing oasis ing pinggir segara.
Misi kasebut nggabungake kaendahan arsitektur lan kekayaan dekorasi kanthi lingkungan praktis, sing ngidini pemukiman permanen dibangun ing sakiwa-tengene. Para misionaris ora mung nginjilake wong asli, nanging mulang supaya nggawe ara-ara samun subur karo kurma kurma; padha ngenalake sapi lan budidaya jagung, gandum lan tebu; Dheweke bisa ngasilake lahan kanggo ngasilake wit-wohan kayata alpukat lan ara, lan kanggo netepi tata cara agama sing mbutuhake anggur lan minyak, dheweke entuk idin kanggo ngolah wit anggur lan wit zaitun, sing dilarang ing sisa-sisa New Spanyol, lan amarga dina iki anggur lan minyak zaitun sing apik diprodhuksi ing wilayah kasebut. Lan yen kabeh mau ora cukup, dheweke uga ngenalake kembang mawar pertama sing subur ing tlatah kasebut lan saiki nghias taman lan kebon ing saindhenging semenanjung.
