Serangan penjajah Spanyol terus-terusan Don Nuño Beltrán de Guzmán menyang tanah sisih kulon negara kasebut, kanggo nambah panguasaan lan kekuwatane ing wilayah kasebut, nyebabake propinsi anyar sing diarani Kerajaan New Galicia.
Wilayah kasebut dipanggoni macem-macem klompok pribumi, sing terus-terusan ngrusak pemukiman sing ditemokake Spanyol ing wilayah kasebut. Letnan Letnan Nuño de Guzmán, Kapten Juan B. de Oñate nampa prentah kanggo nyuda provinsi kasebut lan nemokake Villa de Guadalajara ing papan sing diarani Nochistlán, sawijining kasunyatan manawa dheweke rampung tanggal 5 Januari 1532. Amarga asring ana serangan pribumi ing kutha kasebut, dheweke kudu pindhah setaun mengko menyang Tonalá lan mengko menyang Tlacotlán. Transfer kaping telu digawe kanggo ngatasi kutha ing Lembah Atemajac, ing kutha kasebut didegake kanthi pasti tanggal 14 Februari 1542 kanthi anane Cristóbal de Oñate minangka gubernur New Galicia lan Don Antonio de Mendoza, banjur wakil pejabat New Spain, sing milih dadi walikota Miguel de Ibarra lan gubernur letnan.
Kutha kasebut berkembang kanthi cepet lan wiwit saingan karo Compostela (dina iki Tepic), sing dadi kursi kekuwatan religius lan sipil, saengga warga Guadalajara menehi tekanan marang panguwasa Audiencia, yaiku raja Felipe II mutusake kanggo menehi Sertifikat tanggal 10 Mei 1560 supaya dheweke pindhah saka Compostela menyang Guadalajara, Katedral, Pengadilan Tinggi lan pejabat Keuangan.
Struktur kutha direncanakake miturut kutha kolonial liyane, mula tata cara digawe kanthi papan catur saka alun-alun San Fernando. Sabanjure, tetanggan Meksiko lan Analco didegake dening Fray Antonio de Segovia, lan tetanggan Mezquitán, salah sawijining sing paling tuwa. Omah balai kutha uga dibangun, ing ngarepe candhi San Agustín saiki lan gereja paroki pertama sing dununge Palace of Justice.
Saiki, kutha sing megah, subur ing bangunan kolonial, nampilake conto arsitektur sing relevan, kayata Katedral, sawijining situs sing kudu dideleng, dibangun ing antarane taun 1561 lan 1618 dening arsitek Martín Casillas. Gayane wis diklasifikasikake minangka barok incipient. Struktur padhet kasebut munggah ing ngarepe Plaza de Guadalajara saiki, kanthi menara penasaran sing, sanajan ora kalebu gaya asli bangunan kasebut, saiki diakoni minangka simbol ibukutha Guadalajara. Menara primitif dirusak ing abad kaping 19 amarga ana gempa, mula sing ditambahake saiki. Interioré candhi nganggo gaya semi-Gotik, kalebu kubahé sing digawe saka renda.
Prekara agama liyane saka abad kaping 16 yaiku biara San Francisco, didegake ing taun 1542 cedhak kali, ing lingkungan Analco, lan meh kabeh rusak ing Reformasi. Candi kasebut, direnovasi ing pungkasan abad kaping-17, kanthi fasad Baroque kanthi garis Salomo sing sederhana, dilestarekake. Biara San Agustín, didegaké ing 1573 dening Royal Ordinance of Felipe II lan saiki ngreksa candhi kanthi fase garis-garis Herrerian sing parah lan interior kanthi lemari besi pita.
Santa María de Gracia, minangka salah sawijining yayasan biara liyane, dikuwasani para suster Dominikan saka Puebla, dibangun ing taun 1590 ing ngarepe Plaza de San Agustín lan mbayar dening Hernán Gómez de la Peña. Pambangunan kasebut ngrebut enem blok, sanajan saiki mung candhi sing isih ana, kanthi fasad neoklasik wiwit paruh kaping loro ing abad kaping 18.
